Time Machineのバックアップで、対象データが数百MBしかないのに、1時間経っても終わらないときがあるので、かなりストレスを感じてました。ちょっと調べてみたところ、Adjusting Spotlight for your Time Machine backup!を見つけました。
バックアップ先として指定しているHDDが、Spotlightの検索対象になっていることが原因のようです。
1. Open System Preferences.
2. Choose Spotlight.
3. Click on the Privacy tab.
4. Click on the "+".
5. Navigate to your backup disk and find the folder called "Backups.backupdb".
6. Click "Choose".
7. That's it. The backup should now be excluded from Spotlight searches.
私の場合、"Backups.backupdb"を選択するとエラーになったので、HDDのルートを選択してみたところ、うまく行きました。